Dieckol 及其衍生物作为 SARS-CoV-2 刺突蛋白的潜在抑制剂（英国菌株：VUI 202012/01）：一项计算研究。
摘要来源：三月毒品。 2021 年 4 月 25 日；19(5)。 Epub 2021 年 4 月 25 日。PMID：33922914
摘要作者：Mohammad Aatif、Ghazala Muteeb、Abdulrahman Alsultan、Adil Alshoaibi、Bachir Yahia Khelif
文章隶属关系：Mohammad Aatif
摘要：与 SARS-CoV-2 相关的高发病率和死亡率风险加速了许多潜在疫苗的开发。然而，这些疫苗是针对在中国武汉分离的 SARS-CoV-2 设计的，因此可能无法有效对抗其他 SARS-CoV-2 变种，例如英国变种 (VUI-202012/01)。英国非典——CoV-2 变种的 Spike 蛋白具有 D614G 突变，这使其具有很高的感染率。因此，需要采取新的策略来设计专门针对 SARS-CoV-2 突变形式的新型疫苗和候选药物。其中一种策略是针对 ACE2（血管紧张素转换酶 2）-刺突蛋白 RBD（受体结合域）相互作用。在这里，我们生成了 SARS-CoV-2 英国株的 Spike 蛋白 RBD 同源模型，并采用不同的计算方法筛选了海洋海藻数据库。基于高通量虚拟筛选、标准精度和超精密分子对接，我们确定 BE011 (Dieckol) 是对抗 RBD 最有效的化合物。然而，Dieckol 并未表现出类似药物的特性，因此在计算机中生成了它的不同衍生物，并评估了其结合潜力和类似药物的特性。一种 Dieckol 衍生物 (DK07) 对 RBD 表现出良好的结合亲和力以及可接受的 pH理化、药代动力学、药物相似性和 ADMET 特性。 RBD-DK07 相互作用的分析表明与介导 ACE2-RBD 相互作用的关键残基形成氢键、静电相互作用和疏水相互作用。分子动力学模拟证实了RBD-DK07复合物的稳定性。自由能计算表明静电和范德华相互作用在稳定 RBD-DK07 复合物中起主要作用。因此，DK07 可能被开发为 RBD-ACE2 相互作用的潜在抑制剂。然而，这些结果需要通过体外和体内研究进一步验证。