通过计算研究鉴定（阿育吠陀草药配方）中的生物活性分子作为 SARS-CoV-2 主要蛋白酶 (Mpro) 的潜在抑制剂。
摘要来源：沙特国王大学科学学院。 2022 年 4 月；34(3)：101826。 Epub 2022 年 1 月 10 日。PMID：35035181
摘要作者：Mithun Rudrapal、Ismail Celik、Johra Khan、Mohammad Azam Ansari、Mohammad N Alomary、Rohitash Yadav、Tripti Sharma、Trina Ekawati Tallei、Praveen Kumar Pasala、Ranjan Kumar Sahoo、Shubham J Khairnar、Atul R Bendale、James H Zothantluanga、Dipak Chetia、Sanjay G Walode
文章隶属关系：Mithun Rudrapal
摘要：严重急性呼吸综合征冠状病毒病 (SARS-CoV-2)诱发的 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 大流行是当前世界范围内的卫生紧急情况。全球科学界在开发对抗 SARS-CoV-2 感染的靶向疗法方面面临着重大挑战。在资源有限和危机时期，计算方法对于识别潜在的 SARS-CoV-2 抑制剂至关重要。主蛋白酶 (M) 是一个有趣的药物靶点，因为它处理 SARS-CoV-2 复制所需的多蛋白。应用印度传统医学体系的阿育吠陀知识可能是开发针对 SARS-CoV-2 不同靶蛋白的潜在抑制剂的一种有前景的策略。通过这一努力，我们将阿育吠陀配方中的生物活性分子与 M 对接，然后进行分子动力学 (MD) 模拟（100 ns），以研究它们对 SARS-CoV-2 的抑制潜力。选择对接最好的 4 个分子（特黄素 A、chebulagic Acid、chebulinic Acid 和 Corilagin）进行 MD 模拟研究，并将获得的结果与天然配体X77进行比较。从对接和MD模拟研究来看，所选分子显示出良好的结合亲和力，在Mand的活性结合口袋处形成稳定复合物，在MM-PBSA计算过程中表现出负结合能，表明它们与目标蛋白具有很强的结合亲和力。通过 Lipinskis 过滤器、ADMET 和毒性研究进一步分析所鉴定的生物活性分子的药物相似性。计算 () 研究确定配方中的特黄素 A、chebulagic Acid、chebulinic Acid 和 Corilagin 是有前途的 SARS-CoV-2 M 抑制剂，建议进行实验（体外/体内）研究以进一步探索其抑制机制。