使用计算对接方法鉴定 SARS-CoV-2 刺突蛋白受体结合域的潜在天然抑制剂。
摘要来源：
卡塔尔医学杂志，2021；2021(1):12。 Epub 2021 年 3 月 12 日。PMID：34604010
摘要作者：Shilu Mathew Mathew、Fatiha Benslimane、Asmaa A Althani、Hadi M Yassine
文章隶属关系：Shilu Mathew Mathew
摘要：The新型严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）是唯一达到大流行阶段的人畜共患冠状病毒，目前尚无有效的疫苗或特异性治疗方法。刺突糖蛋白含有介导病毒进入宿主细胞的受体结合域（RBD）。本研究旨在通过化学和天然化合物的计算筛选来识别针对刺突蛋白 RBD 结构域的新型抑制剂。刺突蛋白是根据最近报道的电子显微镜蛋白结构 (PDB ID: 6VSB) 和之前描述的 SARS-CoV 蛋白结构 (PDB) 建模的ID：6ACD 和 6ACJ）。虚拟实验室台 CLC Drug Discovery 用于通过计算筛选当前处方药物 (n = 22)、天然抗病毒药物 (n = 100) 和天然化合物 (n = 35032) 的潜在抑制作用。还进行了定量结构-活性关系（QSAR）研究，以确定以其抗病毒活性而闻名的主要结合剂。在目前用于治疗 SARS-CoV2 的药物中，羟氯喹和法匹拉韦被确定为最佳结合剂，平均有 4 个 H-键，结合亲和力为 - 36.66 kcal/mol，最小相互作用能为 - 6.63 kcal/mol。在抗病毒化合物的评估中，福沙那韦和d 阿巴卡韦可有效结合 5 个氢键，平均结合亲和力为 - 18.75 kcal.mo，最小相互作用能为 - 3.57 kcal/mol。此外，对 100 种天然抗病毒化合物的筛选预测了甘草甜素、脑啡肽、安石榴苷、表没食子儿茶素没食子酸酯和茶黄素的潜在结合模式（平均结合亲和力为 - 49.88 kcal/mol，最小相互作用能为 - 4.35 kcal/mol）。此外，该研究报告了 25 种天然化合物的列表，这些化合物显示出有效的结合，平均结合亲和力提高到 - 51.46 kcal/mol。通过计算筛选，我们确定了与 RBD 区域结合的潜在 SARS-CoV-2 S 糖蛋白抑制剂。通过基于结构的设计和基于组合的药物治疗，所鉴定的分子可用于生成抗 SARS-CoV-2 候选药物。