姜黄素衍生多酚对 COVID-19 主要蛋白酶结合袋结构和灵活性的影响：分子动力学模拟研究。
摘要来源：PeerJ。 2021 年；9：e11590。 Epub 2021 年 7 月 19 日。PMID：34322316
摘要作者：Aweke Mulu、Mulugeta Gajaa、Haregewoin Bezu Woldekidan、Jerusalem Fekadu W/Mariam
文章隶属关系：Aweke Mulu
摘要：The新发生的 SARS-CoV-2 引起了冠状病毒病（COVID-19）的主要流行。根据世界卫生组织 2021 年 5 月 14 日的报告，迄今为止，该病毒已感染超过 1.6 亿人，并导致超过 300 万人死亡。到目前为止，已经进行了不同类型的研究来开发抗病毒药物针对 COVID-19 尚未取得成功。作为其中的一部分，我们对 silico 进行了研究，以发现和引入 COVID-19 抗病毒药物，结果表明蛋白酶抑制剂可以非常有效地控制病毒。本研究旨在研究三种姜黄素衍生多酚对 COVID-19 主要蛋白酶 (Mpro) 的结合亲和力、结合口袋以及相互作用的重要残基的鉴定。在本研究中，通过分子建模、自动对接与分子动力学模拟相结合，分析了 COVID-19 与二阿魏酰甲烷、去甲氧基姜黄素和双去甲氧基姜黄素结合口袋的构象和稳定性。所有三种化合物均显示出结合亲和力分别为-39、-89 和-169.7。去甲氧基姜黄素和双去甲氧基姜黄素与靶分子表现出最佳的结合亲和力，这些可能是 COVID-19 治疗的潜在配体之一。此外，COVID-19 主要蛋白酶结合袋通过一个水分子与界面区域结合恩债券。此外，MD模拟参数表明去甲氧基姜黄素和双去甲氧基姜黄素在模拟运行期间是稳定的。这些发现可以作为开发姜黄素衍生多酚治疗 COVID-19 疗法的基线。