表观基因组、转录组以及萝卜硫素在 UVB 诱导皮肤癌变不同阶段的保护作用。
摘要来源：癌症预防研究中心（费城）。 2020 年 3 月 11 日。Epub 2020 年 3 月 11 日。PMID：32161072
摘要作者：Shanyi Li、Yuqing Yang、Davit Sargsyan、Renyi Wu、Ran Yin、Hsiao-Chen Dina Kuo、Irene Yang、Lujing Wang、David Cheng、Christina N Ramirez ，Rasika Hudlikar，Yaoping Lu，Ah-Ng Kong
文章隶属：Shanyi Li
摘要：萝卜硫素（SFN）是一种有效的抗氧化剂和抗炎剂，已被证明可以预防癌症，尤其是在早期阶段。然而，SFN 如何影响 UVB 介导的表观基因组/DNA 甲基化组和反式皮肤光损伤中的criptome变化尚未得到充分评估。在此，我们使用下一代测序 (NGS) 技术研究了肿瘤发生、促进和进展过程中的转录组和 DNA 甲基组变化及其通过 SFN 的影响和逆转。结果表明，SFN 降低了肿瘤发生率和肿瘤数量。 SFN 的保护作用在早期阶段比后期阶段更为显着。 RNA-seq 数据的生物信息分析显示了差异表达基因 (DEG)，并确定了与 SFN 治疗 UVB 诱导的表皮癌变不同阶段相关的主要经典途径。这些途径包括 p53 信号传导、细胞周期：G2/M DNA 损伤检查点调节、Th1 和 Th2 激活途径以及 PTEN 信号传导途径。随着时间的推移，与 UVB 和 SFN 治疗相关的顶级上游调节因子包括硫酸葡聚糖、TP53、NFE2L2 (Nrf2)、IFNB1 和 IL10RA。甲基序列数据的生物信息分析显示出几个差异UVB 诱导的 l 甲基化区域 (DMR) 被 SFN 减弱。其中包括 Notch1、Smad6、Gnai3 和 Apc2。 RNA-Seq 和 DNA-seq/CpG 甲基化组的综合分析产生了与 UVB 和 SFN 治疗相关的基因亚组。基因表达的变化与启动子CpG甲基化状态呈负相关。这些基因包括 Pik3cd、Matk 和 Adm2。总之，我们的研究为 SFN 对 UVB 诱导的小鼠不同阶段皮肤癌的转录组和 DNA 甲基组的影响提供了新的见解。