非竞争性神经氨酸酶抑制剂对接并探讨其与流感病毒 H5N1 神经氨酸酶结合相互作用的计算模型。
摘要来源：Curr 计算辅助药物设计。 2016；12(4)：272-281。 PMID：27412704
摘要作者：Anand S Chintakrindi、Elvis A F Martis、Devanshi J Gohil、Sweta T Kothari、Abhay S Chowdhary、Evans C Coutinho、Meena A Kanyalkar
文章隶属关系：Anand S Chintakrindi摘要：
背景：随着目前神经氨酸酶（NA）竞争性抑制剂（如奥司他韦和扎那马韦）出现耐药性的病例，目前需要一种治疗禽流感的替代方法。考虑到这一点，一些黄酮和查尔酮是基于槲皮素设计的，槲皮素是最活跃的天然存在的非竞争性物质ve抑制剂。
目的：我们试图了解槲皮素与H5N1-NA的结合，以及槲皮素的合成类似物，即使用计算工具分析黄酮及其前体查尔酮。
方法：使用 Libdock 进行分子对接。使用 Amber14 进行分子动力学 (MD) 模拟。我们合成了这两种化合物；它们的结构通过红外光谱、1H-NMR和质谱得到证实。然后测试这些分子的 H5N1-NA 抑制作用和抑制动力学。
结果：分子对接研究产生了两种化合物，即、4-甲氧基黄酮和 2-羟基-4-甲氧基查尔酮，作为有前景的先导化合物，将它们确定为 NA 150 腔的结合剂。此外，MD 模拟研究表明，槲皮素和这两种化合物结合并保持 150 环它的开放构象，最终扰乱了唾液酸在催化位点的结合。通过 MM-PBSA 估计的结合自由能表明槲皮素比查耳酮和黄酮更有效。然后根据酶动力学研究绘制的 Lineweaver-Burk 图确定这些分子为非竞争性抑制剂。
结论：我们的结论是，如本研究所示，非竞争性抑制可以作为阻断 NA 并避免目前出现的耐药性的有效方法。