我们面临着肥胖流行病引起的全球代谢健康危机。在这里，我们报告了123个非肥胖和169个肥胖丹麦个体的人群样本中的人类肠道微生物组成。我们发现两组个体因肠道微生物基因的数量而有所不同，因此肠道细菌丰富度。它们包含以不同比例的已知和以前未知的细菌物种；与高细菌丰富性个体相比，细菌丰富度低（占人群23％）的个体的特征是总体肥胖，胰岛素抵抗和血脂异常更明显，炎症表型更为明显。随着时间的流逝，肥胖的个体中的肥胖个体也增加了更多的体重。只有少数细菌物种足以区分细菌丰富度高和低细菌的个体，甚至在瘦肉和肥胖的参与者之间。我们基于肠道微生物组的差异的分类确定了普通白人人群中个体的子集，这些人可能会增加与肥胖相关的合并症的风险。